Aan de KNSM-laan ligt de grootste en meest in het oog springende locatie van de stichting. Het voormalige havengebouw, eigendom van Stichting Kunstwerk Loods6, huisvest 232 ateliers en werkruimtes voor kunstenaars en creatieve ondernemers, aangevuld met horeca en winkels. Daarnaast beschikt Loods6 over meerdere evenementenruimtes, waaronder de Bagagehal en de Central Hal. Ook de Kompaszaal maakt deel uit van deze locatie.

In een voormalige school aan de Van Rensselaerstraat beheert Stichting Kunstwerk Loods6 ateliers en werkruimtes voor kunstenaars en creatieve ondernemers, met een sterke focus op betaalbare werkplekken en creatieve ontwikkeling.

Op loopafstand van Loods6, aan het Rietlandpark, ligt het Quarantainegebouw. Deze broedplaats, eigendom van Stadsherstel, biedt ruimte aan twaalf ateliers, twee muziekstudio’s en een café-restaurant en vormt een kleinschalige, hechte gemeenschap van makers.

In de Houthavens beheert Stichting Kunstwerk Loods6 De Bonte Zwaan, een voormalig KNSM-kantoor op een ponton. Deze broedplaats telt 27 ateliers en acht commerciële ruimtes en beschikt over de evenementenruimte Dek West. Het gebouw is eigendom van Stichting Buurtcentra Amsterdam.